IPv6化するのにたいした設定はありません。ネットワークの設定をすることが基本になります。
それ以外に、IPv6だからこそという設定はほとんどありません。たとえば、WebサーバのApacheはそのままでIPv6化されていますし、メールサーバのPostfixやDovecotも同じです。ただ、Postfixの場合はmain.cfに以下をいれます。 
inet_protocols = ipv4, ipv6 #またはall
DNSサーバと同じですが、オプション設定やセキュリティ設定など、必要な設定はありますが、とりあえず動くという段階にするには、設定はこの程度です。